你用两路串联是什么意思？ 是指做port-channel捆绑吧？
如果是做的port-channel捆绑是可以增加带宽的，不会降低你传输速率。
你在同一台交换机上互传文件相当于是用同一个fabric来处理数据，在不同交换机上传输相当于在不同fabric间处理数据，传输率肯定有所差别。
另外需要考虑的是传输文件的分片大小， 如在不同网段并在不同设备上互传文件（跨三层）， 建议在L3层口关闭no ip directly , no ip unreachable等功能，会增加三层转发率。